L’Hôtel-Dieu participe par convention à l’Union Hospitalière de Cornouaille (UHC) aux côtés du Centre Hospitalier de Quimper, du Centre Hospitalier de Douarnenez, de l’Etablissement de Santé Mentale de Quimper et du Centre de Convalescence de Saint Yvi. Ces cinq hôpitaux de service public coopèrent en vue d’organiser une offre de soins cohérente pour le Sud-Finistère, sur l’ensemble des filières. Par exemple, le bloc chirurgical de l’Hôtel-Dieu est un bloc partagé, situé sur le site du Centre Hospitalier de Quimper.
L’établissement coopère également activement avec les structures médico-sociales et les collectivités territoriales au service de la population du territoire, par exemple en matière de portage de repas ou d’actions de prévention et de formation.